生物信息学分析与实践——MATLAB生物信息学工具箱应用电子书

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前言

目录

第1章 序列分析

1.1 计算和可视化序列统计特性

1.1.1 人类线粒体基因组

1.1.2 计算序列统计特性

1.1.3 考察开放阅读框（ORF）

1.1.4 考察注释特征

1.1.5 提取和分析ND2和COX1蛋白

1.1.6 计算人类线粒体基因组中所有基因的密码子使用频率

1.2 两两序列比对

1.2.1 序列比对介绍

1.2.2 查找序列信息

1.2.3 确定蛋白质编码序列

1.2.4 比较氨基酸序列

1.2.5 序列比对结果分析

1.3 评估比对的统计学显著性

1.3.1 从MATLAB空间中获取NCBI数据

1.3.2 初步比对和全局比对

1.3.3 评估打分的显著性

1.3.4 打分不具有统计学显著性的例子

1.3.5 局部比对和随机序列

1.4 全基因组比对

1.4.1 提取基因组信息

1.4.2 基因比对

1.4.3 考察分数的含义

1.4.4 利用稀疏矩阵减少存储量

1.4.5 查看同源基因

1.5 分析同义和非同义替换

1.5.1 介绍

1.5.2 提取HIV-1基因组的两个序列信息

1.5.3 计算HIV-1基因的Ka/Ks比值

1.5.4 利用滑动窗口计算Ka/Ks比值

1.5.5 GAG、POL和ENV基因的滑动窗口分析

1.5.6 分析GP120的Ka/Ks比值和表位

1.6 追踪禽流感病毒

1.6.1 禽流感病毒介绍

1.6.2 计算每个H5N1基因的Ka/Ks比值

1.6.3 针对HA蛋白质进行系统发育分析

1.6.4 利用多维变尺度可视化序列距离

1.6.5 在非洲和亚洲地图上展示H5N1病毒的地理区域

1.6.6 利用谷歌地图观察地理区域

1.6.7 在谷歌地图中查看文件

参考文献

第2章 高通量测序

2.1 分析Illumina/Solexa下一代测序数据

2.1.1 简介

2.1.2 读取_sequence.txt（FASTQ）文件

2.1.3 考察序列读数的长度分布

2.1.4 考察序列片段的碱基组成

2.1.5 考察质量打分分布

2.1.6 在标准之间转换质量打分

2.1.7 根据质量打分进行过滤和去除

2.1.8 统计读数出现概况

2.1.9 识别人造的均聚物

2.2 识别RNA-seq数据中差异表达的基因

2.2.1 RNA-seq技术介绍

2.2.2 前列腺癌症数据集

2.2.3 为目标基因建立一个注释对象

2.2.4 输入匹配的短读数匹配数据

2.2.5 确定数字化基因表达

2.2.6 推断RNA表达的差异信号

2.2.7 估计文库规模因子

2.2.8 估计基因丰度

2.2.9 估计负二项式分布参数

2.2.10 经验累计分布函数

2.2.11 测试差异表达

2.3 分析人类末端肠道微生物

2.3.1 人类末端肠道菌群简介

2.3.2 成人远端肠道微生物分类剖析

2.3.3 结合分类分布和基本分类

2.3.4 基于KEGG类进行功能对比分析

2.3.5 基于COG分类进行功能对比分析

2.3.6 基于功能表示集中微生物

2.4 分析马尾藻样本的宏基因组

2.4.1 简介

2.4.2 读取BLAST命中报告

2.4.3 过滤BLAST命中次数

2.4.4 内存匹配的分类学数据文件

2.4.5 用分类学信息注释BLAST报告

2.4.6 根据学名为BLAST命中分类

2.4.7 保存注释的BLAST报告

2.4.8 确定BLAST命中次数的分类学分布

2.4.9 滤除孤立分配

2.4.10 绘制BLAST命中的分类学分布

2.4.11 将分析局限至每个查询的最佳命中

2.4.12 分类节点信息的内存映射

2.4.13 根据更高的分类学目划分BLAST命中

2.4.14 以图的形式表示分类学分布

2.5 研究基因组规模的DNA甲基化谱差异

2.5.1 简介

2.5.2 数据集

2.5.3 为BAM格式文件创建MATLAB接口

2.5.4 关联CpG岛和DNA甲基化

2.5.5 序列数据的统计建模

2.5.6 识别显著的甲基化区域

2.5.7 寻找具有显著甲基化启动子区域的基因

2.5.8 寻找显著甲基化的基因内部区域

2.5.9 甲基化模式的差异分析

参考文献

第3章 芯片数据分析

3.1 芯片数据可视化

3.1.1 考察微阵列数据

3.1.2 微阵列数据的空间图

3.1.3 微阵列的统计参数

3.1.4 微阵列数据的散点图

3.2 分析Affymetrix芯片数据

3.2.1 关于Affymetrix数据文件

3.2.2 显示图像文件

3.2.3 基因名称和探针集ID

3.3 分析芯片数据并识别差异表达的基因

3.3.1 芯片数据集简介

3.3.2 下载表达数据

3.3.3 过滤表达数据

3.3.4 识别差异的基因表达

3.3.5 采用基因本体注释上调基因

3.3.6 寻找通路中的差异表达基因

3.4 通过分析Affymetrix SNP芯片研究DNA拷贝数变化

3.4.1 简介

3.4.2 数据集

3.4.3 获取SNP芯片的探针水平数据

3.4.4 输入和转换数据集

3.4.5 探针强度标准化

3.4.6 探针水平的概要

3.4.7 获取SNP探针信息

3.4.8 原始拷贝数估计

3.4.9 过滤和排序

3.4.10 PCR片段长度标准化

3.4.11 CN基因谱

3.4.12 SCLS样本的8q扩增

3.4.13 CN获得/缺失汇总图

3.5 芯片数据的基因本体富集分析

3.5.1 简介

3.5.2 基因本体功能举例

3.5.3 通过聚类分析筛选一组感兴趣的基因子集

3.5.4 获取酵母基因组数据库中的注释基因

3.5.5 基因芯片中被注释的基因数目

3.5.6 观察GO注释的出现概率

3.5.7 最显著条目的进一步分析

参考文献

第4章 质谱数据分析

4.1 原始质谱数据的预处理

4.1.1 下载数据

4.1.2 谱的重采样

4.1.3 基线校正

4.1.4 谱排列

4.1.5 谱图标准化

4.1.6 去除峰噪声

4.1.7 采用波形降噪方法寻找峰值

4.1.8 分段：用层次聚类合并谱峰

4.1.9 动态规划分割

4.2 采用顺序和并行计算实现谱的批量处理

4.2.1 简介

4.2.2 设置数据仓库

4.2.3 顺序分批处理

4.2.4 基于多核计算机的并行批处理

4.2.5 基于分布计算的并行批处理

4.2.6 异步并行处理

4.2.7 后期处理

4.3 显著性特征识别以及蛋白质谱分类

4.3.1 简介

4.3.2 样本可视化

4.3.3 关键特征排序

4.3.4 基于线性判别分析的盲分类

4.3.5 利用PCA/LDA进行数据降维

4.3.6 特征选择子集的随机搜索

4.3.7 利用评估集来评估选择特征的质量

4.3.8 可替换的统计学习方法

4.4 采用遗传算法寻找质谱数据特征

4.4.1 简介

4.4.2 导入本地质谱数据到MATLAB

4.4.3 建立遗传算法的适应度函数

4.4.4 建立初始种群

4.4.5 设定遗传算法选项

4.4.6 运行GA寻找20个具有可判别性的特征

4.4.7 显示具有判别性的特征

参考文献

第5章 可视化工具

5.1 聚类结果可视化

5.1.1 数据导入

5.1.2 聚类

5.1.3 查看和更改聚类选项

5.1.4 数据集的行列聚类

5.1.5 对热图的操作

5.1.6 操作系统树

5.1.7 改变配色方案和显示范围

5.1.8 5000个显著基因的聚类

5.2 分子三维结构的可视化

5.2.1 泛素结构介绍

5.2.2 泛素分子显示

5.2.3 对分子进行旋转和放大

5.2.4 评估结构中的氨基酸电荷分布

5.2.5 研究结构的疏水性谱

5.2.6 测量原子距离

5.2.7 展示和标注泛素结构中的赖氨酸残基

5.2.8 检查泛素中的异肽键

5.2.9 泛素比对和SUMO序列

5.2.10 将泛素和SUMO的结构叠加

5.3 相互作用数据可视化

5.3.1 将进化树表示为图

5.3.2 改变BIOGRAGH对象的属性

5.3.3 绘制自定义节点

5.4 图论函数

5.4.1 从SimBiology模型创建一个图

5.4.2 可视化图

5.4.3 使用图论函数

5.4.4 寻找节点pA与pC之间的最短路径

5.4.5 遍历图

5.4.6 寻找图中的连通部分

5.4.7 模拟移除一个反应

参考文献

第6章 外部数据库和程序调用

6.1 连接本地数据库

6.1.1 检查数据库工具箱

6.1.2 为原始数据库建立一个备份

6.1.3 为MATLAB配置数据库

6.1.4 连接到数据库

6.1.5 获取数据库信息

6.1.6 从GenBank收集序列数据并插入数据库

6.1.7 核对导入数据的序列

6.1.8 更新数据库中的数据

6.1.9 为数据库添加比对信息

6.1.10 检索比对

6.1.11 为数据增加BLAST报表信息

6.1.12 对序列进行BLAST搜索

6.1.13 使用可视化的查询构建器将信息导入MATLAB

6.2 连接KEGG的API网络服务器

6.2.1 利用信息操作来展示通路数据库中的统计参数

6.2.2 利用conv操作符实现KEGG标识符与外部标识符的相互转换

6.2.3 提取KEGG分类学数据库的物种列表

6.2.4 获取KEGG通路数据库中人类的通路列表

6.2.5 为通路染色

6.2.6 展示静态图

6.3 调用Bioperl函数

6.3.1 简介

6.3.2 访问序列信息

6.3.3 从MATLAB调用Perl程序

6.3.4 在Perl程序中调用MATLAB函数

6.3.5 生物信息学工具箱中的蛋白质分析工具

参考文献

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