植物氧化还原酶:起源、进化与功能研究电子书

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内容简介

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前言

第一篇　活性氧相关理论与国内外研究概述

第一章　活性氧及其稳态

第一节　活性氧

一、活性氧的概念

二、活性氧产生的位置

三、活性氧的功能

四、活性氧过量产生的胁迫条件

五、活性氧的氧化损伤

第二节　活性氧稳态调控

一、活性氧是一把“双刃剑”

二、非酶促系统

三、酶促系统

第二章　CⅢ类过氧化物酶

第一节　CⅢ类过氧化物酶的酶促循环

第二节　CⅢ类过氧化物酶的功能多样性

一、CⅢ类过氧化物酶参与细胞壁木质化

二、CⅢ类过氧化物酶参与植物非生物胁迫响应

三、CⅢ类过氧化物酶参与植物生物胁迫响应

第二篇　氧化还原酶数据库与多基因家族注释

第三章　氧化还原酶数据库

第一节　CⅢ类过氧化物酶数据库

一、CⅢ类过氧化物酶数据库PeroxiBase

二、过氧化物酶数据库

三、过氧化物酶家族分类工具PeroxiScan

第二节　过氧化物酶进化分析数据库

一、过氧化物酶数据库的升级概述

二、多参数检索

三、多基因家族半自动注释

四、基因家族分类工具：新PeroxiScan

五、进化分析的新工具：PhyML

六、基因结构分析的可视化工具：GECA

七、新数据类型和展示方式

八、更多的数据量

九、新PeroxiBase的工作流程

十、数据库的基本功能：Browse the Database

第三节　RedOxiBase：活性氧稳态调节蛋白质数据库

一、RedOxiBase概述

二、新的交互界面

三、进化分析的新工具：Orthogroup

四、比较基因组学的新工具：Circos和Chromodraw

五、蛋白质表达分析工具：ExpressWeb

第四章　氧化还原酶多基因家族注释

第一节　基因家族自动注释：问题和解决方案

一、核酸测序和组装

二、基因注释的热潮

三、基因组注释的方法与步骤

四、基因组注释偏差

五、改进基因组自动注释偏差的方法

第二节　氧化还原酶家族专属注释流程

一、氧化还原酶自动注释错误率高

二、氧化还原酶自动注释常见错误

三、氧化还原酶家族注释的专用流程

第三篇　氧化还原酶的起源与进化

第五章　氧化还原酶的起源

第一节　非动物过氧化物酶的起源

一、非动物过氧化物酶

二、非动物过氧化物酶有保守的3D结构

三、CⅢ Prx起源的基因结构证据

第二节　非动物过氧化物酶的基因剂量进化

一、数据来源和过氧化物酶注释

二、非动物过氧化物酶具有特定的分类学分布

第三节　非动物过氧化物酶的蛋白剂量进化

一、生物体的培养和收集

二、APX、CcP和CⅢ过氧化物酶的活性测定

三、CⅢ过氧化物酶在陆生植物中的活性高于藻类

第四节　植物过氧化物酶的起源和进化模型

第六章　氧化还原酶基因的获得与丢失

第一节　数据来源和基因注释

一、数据来源

二、氧化还原酶的注释流程

三、注释结果

四、实验检测是必要且有效检测“遗漏”基因的步骤

第二节　四个桉树物种中的11个ROS调控家族的比较

一、进化过程中的基因得失事件

二、氧化还原酶基因家族的表达谱

三、四个桉树物种的分化

第七章　过氧化物酶基因的复制与“热点”

第一节　氧化还原酶的系统发育和染色体定位

一、氧化还原酶的系统发育分析

二、氧化还原酶基因的染色体定位和“热点”现象

第二节　氧化还原酶基因家族的保守性

一、氧化还原酶基因家族具有不同的保守性

二、大小变异的家族包含基因复制事件

三、重复的基因具有不同的表达谱

第八章　植物CⅢ Prx的基因结构进化

第一节　植物CⅢ Prx基因结构鉴定

第二节　CⅢ Prx家族的结构差异

一、CⅢ Prx的内含子类型

二、低等植物CⅢ Prx基因结构

三、CⅢ Prx的多种基因结构类型

第三节　单、双子叶植物CⅢ Prx基因结构分化

一、内含子频率差异

二、内含子数量差异

三、内含子大小差异

第四节　CⅢ Prx基因结构进化

一、CⅢ Prx的经典内含子经历了内含子丢失事件

二、CⅢ Prx的稀有内含子经历了内含子增益事件

三、CⅢ Prx基因祖先结构和进化模型

第九章　CⅢ Prx的蛋白质结构进化

第一节　CⅢ Prx的二硫键结构进化

一、CⅢ Prx的二硫键结构

二、CⅢ Prx的二硫键缺失

第二节　CⅢ Prx的保守基序进化

第四篇　ROS调控蛋白与植物抗病相关性研究

第十章　CⅢ Prx家族与植物抗病相关性

第一节　柑橘CⅢ Prx家族鉴定

一、柑橘CⅢ Prx家族的鉴定流程

二、柑橘CⅢ Prx家族

第二节　柑橘CⅢ Prx家族的生物信息学分析

一、柑橘CⅢ Prx家族的系统发育分析

二、柑橘CⅢ Prx家族的基因结构和保守基序

三、柑橘CⅢ Prx的种内和种间共线性分析

四、柑橘CⅢ Prx家族的染色体定位

五、柑橘CⅢ Prx家族基因的强纯化选择

第三节　柑橘CⅢ Prx家族的表达分析

一、Xcc诱导柑橘CⅢ Prx的表达

二、激素诱导柑橘CⅢ Prx的表达

三、两个柑橘CⅢ Prx的亚细胞定位分析

第十一章　Cat家族与植物抗病相关性

第一节　CsCat01克隆与生物信息学分析

一、CsCat01编码序列和启动子克隆

二、CsCat01生物信息学分析

三、CsCat01系统发育分析

第二节　CsCat01的表达分析

一、CsCat01受植物激素的诱导表达分析

二、CsCat01受柑橘溃疡病菌侵染的诱导表达分析

三、柑橘溃疡病菌诱导下CAT酶活性和H2O2含量变化

四、CsCat01调控柑橘对溃疡病抗性的模型

第十二章　APX家族与植物抗病相关性

第一节　柑橘APX家族

一、柑橘APX家族的鉴定

二、柑橘APX家族的理化性质

第二节　柑橘APX家族的生物信息学分析

一、柑橘APX家族的系统发育分析、染色体定位、共线性分析和基因结构

二、柑橘APX家族的保守基序和功能域分析

三、柑橘APX家族的启动子元件分析

四、柑橘APX家族的蛋白质互作网络

第三节　柑橘APX家族的表达分析

一、植物激素对柑橘APX家族的诱导表达

二、Xcc对柑橘APX家族的诱导表达

三、CsAPX01和CsAPX02的瞬时表达

第十三章　Rboh家族与植物抗病相关性

第一节　Rboh类转录因子的研究背景

第二节　柑橘Rboh家族

一、柑橘Rboh家族鉴定和理化性质

二、柑橘Rboh家族的二级结构

第三节　柑橘Rboh家族的生物信息学特征

一、柑橘Rboh家族的系统进化分析

二、柑橘Rboh家族的染色体定位和基因结构

三、柑橘Rboh家族的多序列比对和功能结构域

四、柑橘Rboh家族的保守基序分析

五、柑橘Rboh家族的启动子顺式作用元件

第四节　柑橘Rboh家族的表达模式

一、激素诱导柑橘Rboh家族的表达模式

二、柑橘溃疡病菌诱导柑橘Rboh家族的表达模式

第十四章　SOD家族与植物抗病相关性

第一节　柑橘SOD家族

第二节　柑橘SOD家族的生物信息学分析

一、柑橘SOD家族在染色体上的分布和基因结构

二、柑橘SOD的功能结构域

三、柑橘和拟南芥SOD家族的系统发育和共线性分析

四、柑橘SOD家族蛋白的保守序列分析

五、柑橘SOD基因启动子中的顺式元件和转录因子结合位点分析

第三节　柑橘SOD家族的表达模式

一、柑橘溃疡病菌诱导的柑橘SOD家族表达模式

二、植物激素诱导的CsSOD表达模式

三、CsSOD06和CsSOD08的瞬时表达

附录一　相关缩略词

附录二　相关软件、程序和数据库

附录三　与本研究相关的论文

参考文献

后记