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内容简介
前言
缩略词
1 绪言：天然冬虫夏草和多种冬虫夏草菌
2 天然冬虫夏草和冬虫夏草菌混用同一拉丁名的历史和现状
3 拉丁名Ohiocordyceps sinensis代表单一真菌种吗？
3.1 学说Ⅰ：冬虫夏草菌O.sinensis是单一真菌种，它的无性型是中国被毛孢
3.2 学说Ⅱ：冬虫夏草菌O.sinensis是一组真菌的总称
3.3 学说Ⅲ：O.sinensis是多种突变基因型冬虫夏草菌的总称
3.3.1 第1类：九个转换点突变基因型冬虫夏草菌
3.3.2 第2类：五个颠换点突变基因型冬虫夏草菌
3.3.3 第3类：插入/缺失点突变基因型冬虫夏草菌（基因型#12）
3.3.4 第4类：两个大片段DNA交叉互换、基因重组遗传变异基因型冬虫夏草菌
4 天然冬虫夏草的多元遗传分子异质性
4.1 不同产区采集的天然冬虫夏草的遗传分子异质性
4.2 冬虫夏草人工培殖的无性型侵染源与人工冬虫夏草有性型的物种矛盾
4.3 单一产区采集的天然冬虫夏草的遗传分子异质性
4.4 单碱基多性质谱基因分型检验单株冬虫夏草子座的多元遗传分子异质性态
4.5 子囊孢子的遗传分子异质性
4.6 天然冬虫夏草成熟过程中，多种基因型冬虫夏草菌的差异存在和动态变化
4.7 实时定量PCR检验天然冬虫夏草和寄主蝙蝠蛾幼虫
4.8 蝙蝠蛾幼虫的正确病原菌与多元遗传分子异质性
5 基因型#1中国被毛孢的种内遗传变异
5.1 GenBank中3个组装的中国被毛孢菌株基因组序列的差异
5.1.1 中国被毛孢Co18号菌株基因组ANOV01002305片段
5.1.2 中国被毛孢Co18号菌株基因组ANOV01021101片段
5.1.3 中国被毛孢1229号菌株基因组的LKHE01000676片段
5.1.4 中国被毛孢ZJB12195号菌株基因组LWBQ01000028片段
5.1.5 中国被毛孢ZJB12195号菌株基因组LWBQ01000037片段
5.1.6 中国被毛孢Co18号菌株基因组ANOV01022831片段
5.2 中国被毛孢菌株的mRNA序列与基因组序列比对
5.2.1 中国被毛孢L0106号菌株mRNA序列KP090937
5.2.2 中国被毛孢L0106号菌株的mRNA序列KP090945
5.2.3 中国被毛孢L0106号菌株的mRNA序列KP090946
5.2.4 中国被毛孢L0106号菌株的mRNA序列KP090949
5.2.5 中国被毛孢L0106号菌株的mRNA序列KP090959
5.2.6 中国被毛孢L0106号菌株的mRNA序列KP090961
5.2.7 中国被毛孢L0106号菌株的mRNA序列KP090963
5.3 中国被毛孢基因组未拼接的shotgun序列与转录组、基因组序列的差异
5.3.1 中国被毛孢YN07-8号分离株未拼接的shotgun序列文库含有几条特殊序列
5.3.2 中国被毛孢未拼接shotgun序列比对转录组、基因组组装序列呈现一致性的低相似度
5.3.3 Co18号菌株氨基酸序列EQL03991比对，中国被毛孢未拼接shotgun序列JM973601及其他组装基因组序列
5.3.4 中国被毛孢未拼接shotgun序列JM973579比对中国被毛孢基因组、转录组序列
5.3.5 中国被毛孢未拼接shotgun序列JM973741比对基因组、转录组组装序列
5.3.6 多个中国被毛孢菌株OSRC14分子标记基因序列比对
5.3.7 天然冬虫夏草和中国被毛孢发酵菌丝体转录子的差异性转录后加工修饰
6 天然冬虫夏草的转录组和蛋白组表达多态性
6.1 两个天然冬虫夏草转录组序列的差异
6.1.1 云南德钦冬虫夏草中活跃表达的转录子在四川康定冬虫夏草转录组中缺失
6.1.2 天然冬虫夏草转录组中片段序列插入或缺失变异
6.1.3 两个天然冬虫夏草的转录组序列片段相似度低于97%
6.1.4 天然冬虫夏草转录组中存在多个重复序列
6.2 天然冬虫夏草转录组和中国被毛孢L0106号菌株转录组序列的差异
6.2.1 天然冬虫夏草中活跃转录的基因在中国被毛孢转录组GCQL00000000中缺失
6.2.2 四川康定天然冬虫夏草转录组比对中国被毛孢L0106号菌株转录组序列
6.2.3 云南德钦天然冬虫夏草转录组与中国被毛孢L0106号菌株转录组之间的低相似度序列片段
6.3 天然冬虫夏草子座和僵虫体的转录组和蛋白组表达差异和变化
7 多种突变基因型冬虫夏草菌与“ITS伪基因”学说
7.1 功能性基因和与之对应的同系“伪基因”并非存在于同一真菌基因组中
7.2 不同的受检样本导致基因组研究结果的差异
7.3 核糖体DNA的5.8S基因的生理性或非生理性活跃转录表达和转录沉寂
7.3.1 “ITS伪基因”学说基于真菌5.8S基因肯定转录表达的试验假设
7.3.2 非特异性引物5.8S-F/R的设计和应用、5.8S基因的二级立体构象的影响
7.3.3 5.8S基因转录子cDNA克隆序列中变异的等位基因
7.3.4 所检出的cDNA扩增子克隆序列是否确实来自基因型#1中国被毛孢5.8S基因
7.3.5 未检出的5.8S基因cDNA序列是否属于“失功能的伪基因”
7.4 多种突变基因型冬虫夏草菌与“ITS伪基因”学说研究评论
8 冬虫夏草子囊孢子的多元遗传分子异质性与微循环产孢研究
9 冬虫夏草分子系统学研究的试验设计和数据分析方法
9.1 冬虫夏草微观分子系统学研究
9.2 天然冬虫夏草宏观、整体随机分子标记多态性系统学研究
9.2.1 分子系统学的分子标记多态性宏观整体研究中随机引物的选择
9.2.2 分子标记多态性相似度的计算生物学算法的选择
9.2.3 丰度加权算法用于构建遗传进化系统发育（聚类）树图
9.2.4 丰度加权算法用于蛋白组表达多态性的整体研究
参考文献
后记
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