水产生物多组学研究及其应用电子书

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前言

第1章 基因组学

1.1 基因组学的研究技术

1.1.1 第一代测序技术

1.1.2 第二代测序技术

1.1.3 第三代测序技术

1.2 基因组组装策略

1.3 基因组测序技术的应用

1.3.1 全基因组测序

1.3.2 比较基因组学

1.3.3 进化生物学

1.3.4 水产生物遗传育种

第2章 转录组学

2.1 转录组学基础

2.1.1 转录组和转录组学

2.1.2 转录组学发展史

2.2 转录组学的研究技术

2.2.1 DNA微阵列技术

2.2.2 表达序列标签技术

2.2.3 基因表达系列分析技术

2.2.4 大规模平行测序技术

2.2.5 RNA测序技术

2.3 转录组测序后续数据分析

2.3.1 转录组数据质量控制

2.3.2 测序读长序列（reads）比对分析

2.3.3 转录本表达定量分析

2.3.4 差异表达分析

2.3.5 结构变异分析

第3章 蛋白质组学

3.1 蛋白质组学基础

3.2 蛋白质组学基本技术

3.2.1 双向凝胶电泳技术

3.2.2 质谱技术

3.2.3 蛋白质芯片技术

3.2.4 生物信息学技术

3.3 蛋白质组学在生命科学研究中的应用

3.3.1 蛋白质性质分析

3.3.2 组学分析

第4章 代谢组学

4.1 代谢组学概述

4.1.1 代谢组学发展的历史背景

4.1.2 代谢组学的研究对象及研究方法

4.1.3 非靶向代谢组学和靶向代谢组学

4.2 代谢组学样品制备

4.2.1 样品前处理技术

4.2.2 代谢物的萃取技术

4.2.3 代谢组学样品前处理的发展趋势

4.3 气相色谱-质谱联用技术在代谢组学中的应用

4.3.1 气相色谱-质谱联用技术特点

4.3.2 气相色谱-质谱联用系统组成

4.3.3 代谢组学中常用气相色谱-质谱联用仪器介绍

4.3.4 样品的采集与制备

4.3.5 数据分析

4.4 液相色谱-质谱联用技术在代谢组学中的应用

4.4.1 液相色谱-质谱联用技术特点

4.4.2 LC-MS接口

4.4.3 液相色谱-质谱联用技术在代谢组学中的优势及发展趋势

4.5 空间代谢组学

4.5.1 空间代谢组学的研究方法和技术

4.5.2 空间代谢组学的研究内容和应用

4.5.3 空间代谢组学的发展趋势

第5章 多组学技术在鱼类研究中的应用

5.1 鱼类基因组学研究

5.1.1 鱼类基因组学研究概述

5.1.2 基因组技术在鱼类系统发育和亲缘关系研究领域的应用

5.1.3 基因组技术在鱼类群体遗传学研究领域的应用

5.1.4 基因组技术在高密度遗传连锁图谱构建与QTL定位中的应用

5.1.5 基因组技术在鱼类基因组编辑研究领域的应用

5.2 鱼类转录组学研究

5.2.1 鱼类转录组学研究概述

5.2.2 转录组技术在鱼类系统发育和适应性进化研究领域的应用

5.2.3 转录组技术在环境胁迫研究领域的应用

5.2.4 转录组技术在分子标记开发领域的应用

5.2.5 转录组技术在鱼类免疫研究领域的应用

5.2.6 转录组技术在鱼类发育生物学研究领域的应用

5.3 鱼类蛋白质组学研究

5.3.1 鱼类蛋白质组学研究概述

5.3.2 蛋白质组技术在鱼类鉴定和质量安全方面的应用

5.3.3 蛋白质组技术在鱼肉品质研究方面的应用

5.3.4 蛋白质组技术在鱼类生物活性评价方面的应用

5.3.5 蛋白质组技术在鱼类应答环境胁迫研究领域的应用

5.3.6 蛋白质组技术在免疫研究领域的应用

5.4 鱼类代谢组学研究

5.4.1 鱼类代谢组学研究概述

5.4.2 代谢组学技术在鱼类疾病方面的应用

5.4.3 代谢组学技术在鱼类毒理方面的应用

5.4.4 代谢组学技术在鱼类营养和饲料方面的应用

5.4.5 代谢组学技术在鱼类响应环境胁迫方面的应用

第6章 多组学技术在虾类研究中的应用

6.1 虾类基因组学研究

6.1.1 虾类基因组学研究概述

6.1.2 虾类动物基因组测序历史

6.1.3 多种虾类的基因组研究

6.1.4 基因组学研究在虾类养殖中的应用

6.1.5 多种新的基因组学方法在虾类研究中的应用

6.2 虾类转录组学研究

6.2.1 虾类转录组学研究概述

6.2.2 转录组技术在虾类生长发育研究中的应用

6.2.3 转录组技术在虾类免疫应答研究中的应用

6.2.4 转录组技术在虾类环境胁迫研究中的应用

6.2.5 转录组技术在虾类营养代谢研究中的应用

6.3 虾类蛋白质组学研究

6.3.1 虾类蛋白质组学研究概述

6.3.2 蛋白质组技术在虾类生殖发育和育种研究中的应用

6.3.3 蛋白质组技术在虾类生长和营养研究中的应用

6.3.4 蛋白质组技术在虾类养殖和产品质量安全研究中的应用

6.3.5 蛋白质组技术在虾类应答环境胁迫研究中的应用

6.3.6 蛋白质组技术在虾类免疫研究中的应用

6.4 虾类代谢组学研究

6.4.1 虾类代谢组学研究概述

6.4.2 代谢组学技术在虾类生理状态评估中的应用

6.4.3 代谢组学技术在虾类疾病监测与预防中的应用

6.4.4 代谢组学技术在虾类饲料评估与优化中的应用

6.4.5 代谢组学技术在虾类环境适应与逆境应对研究中的应用

6.5 虾类微生物组学研究

6.5.1 虾类微生物组学研究概述

6.5.2 虾类肠道微生物组学分析

6.5.3 微生物组学技术在虾类疾病诊断与监测中的应用

6.5.4 微生物组学技术在虾类益生菌筛选中的应用

6.5.5 微生物组学技术在虾类饲料评估与优化中的应用

6.5.6 微生物组学技术在虾类水体环境监测与生态修复中的应用

第7章 多组学技术在贝类研究中的应用

7.1 贝类基因组学研究

7.1.1 贝类基因组学研究概述

7.1.2 基因组学技术在贝类研究中的应用

7.1.3 基因组学技术在贝类研究应用中存在的问题与展望

7.2 贝类转录组学研究

7.2.1 贝类转录组学研究概述

7.2.2 转录组学技术在贝类研究中的应用

7.2.3 转录组学技术在贝类研究应用中存在的问题与展望

7.3 贝类蛋白质组学研究

7.3.1 贝类蛋白质组学概述

7.3.2 蛋白质组学技术在贝类研究中的应用

7.3.3 蛋白质组学技术在贝类研究应用中存在的问题与展望

7.4 贝类代谢组学研究

7.4.1 贝类代谢组学概述

7.4.2 代谢组学技术在贝类研究中的应用

7.4.3 代谢组学技术在贝类研究应用中存在的问题与展望

第8章 多组学技术在藻类研究中的应用

8.1 藻类组学研究概况

8.2 藻类基因组学研究

8.2.1 藻类核基因组研究

8.2.2 藻类细胞器基因组研究

8.3 藻类转录组学研究

8.3.1 基于转录组测序的绿藻起源与演化历史重建

8.3.2 基于转录组测序的海藻生物入侵分子机制研究

8.4 藻类代谢组学研究

第9章 多组学技术在蟹类研究中的应用

9.1 蟹类基因组学研究

9.1.1 梭子蟹科蟹类基因组研究

9.1.2 弓蟹科蟹类基因组研究

9.1.3 歪尾下目蟹类基因组研究

9.2 蟹类转录组学研究

9.2.1 青蟹转录组学研究

9.2.2 中华绒螯蟹转录组学研究

9.2.3 三疣梭子蟹转录组学研究

9.2.4 其他蟹类转录组学研究

9.3 蟹类蛋白质组学研究

9.3.1 蛋白质组学技术在蟹类性别研究方面的应用

9.3.2 蛋白质组学技术在蟹类生长发育研究方面的应用

9.3.3 蛋白质组学技术在蟹类环境应激研究方面的应用

9.3.4 蛋白质组学技术在蟹类免疫学研究方面的应用

9.4 蟹类代谢组学研究

9.4.1 代谢组学技术在蟹类神经内分泌研究方面的应用

9.4.2 代谢组学技术在蟹类环境应激研究方面的应用

9.4.3 代谢组学技术在蟹类免疫抗病研究方面的应用

9.4.4 代谢组学技术在蟹类营养需求研究方面的应用

9.5 蟹类多组学联合研究

9.5.1 多组学联合分析技术在蟹类神经内分泌研究方面的应用

9.5.2 多组学联合分析技术在蟹类免疫应激研究方面的应用

参考文献