化学信息学(第二版)电子书

内容提要

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前言

第1章 概述

1.1 什么是化学信息学

1.2 化学信息学的诞生背景

1.3 信息科学在化学领域的应用

1.4 化学信息采集接口

1.5 化学信息的结构和特点

1.6 化学信息的工作方式

1.7 化学信息学的应用

1.7.1 化合物结构绘制

1.7.2 化学数据库设计与开发

1.7.3 化学反应体系模拟

1.7.4 计算机辅助波谱解析

1.7.5 化合物结构与活性关系预测

1.7.6 实验室信息管理系统

1.8 展望

第2章 化学信息来源

2.1 辞典

2.2 手册

2.3 化学期刊

2.3.1 综合类期刊

2.3.2 有机化学期刊

2.3.3 分析化学期刊

2.3.4 无机化学期刊

2.3.5 物理化学期刊

2.4 图书馆资源

2.4.1 生命科学图书馆

2.4.2 中国科学院大连化学物理研究所图书馆

2.4.3 中国科学院国家科学图书馆

2.4.4 国家科技图书文献中心

2.4.5 清华大学图书馆

2.4.6 中国国家图书馆

2.4.7 哈佛大学图书馆

2.4.8 斯坦福大学图书馆

2.5 化学化工资源信息平台

2.5.1 化学信息网

2.5.2 Computer Aided Chemistry Tutorial

2.5.3 Wilton High School Chemistry

扩展阅读：信息

第3章 信息搜索引擎

3.1 概述

3.1.1 搜索引擎的原理

3.1.2 搜索引擎的历史及发展趋势

3.2 搜索引擎的定义及分类

3.2.1 全文搜索引擎

3.2.2 目录索引类搜索引擎

3.2.3 元搜索引擎

3.2.4 垂直搜索引擎

3.3 搜索引擎查询方法

3.3.1 模糊查询

3.3.2 精确查询

3.3.3 逻辑查询

3.3.4 查询范围限制

3.4 常用的全文搜索引擎

3.4.1 百度

3.4.2 Google中国

3.4.3 维基百科

3.5 常用的学术搜索引擎

3.5.1 BASE

3.5.2 SciTech Connect

3.5.3 CiteSeerX

3.6 常用的元搜索引擎

3.6.1 Dogpile

3.6.2 Excite

3.6.3 Ixquick

3.6.4 Mamma

3.6.5 Metacrawler

3.6.6 ProFusion

3.6.7 Savvysearch

3.7 专业搜索引擎

3.7.1 专业搜索引擎的优势

3.7.2 著名的专业搜索引擎

扩展阅读：百度搜索技巧

第4章 文献检索概述

4.1 文献检索的意义

4.1.1 文献的定义

4.1.2 信息检索的含义

4.1.3 文献检索的意义

4.2 文献检索的基础知识

4.2.1 逻辑运算符

4.2.2 通配符

4.2.3 位置算符

4.2.4 主要检索字段

4.2.5 文献资源分类

4.2.6 主要文献类型

4.3 文献检索基本流程

4.4 文献检索途径及案例

4.4.1 研究类文献检索

4.4.2 数据事实检索

第5章 中文学术论文资源数据库

5.1 中国知网

5.1.1 中国知网概况

5.1.2 中国学术期刊（网络版）

5.1.3 中国学术辑刊全文数据库

5.1.4 中国博士学位论文全文数据库

5.1.5 中国优秀硕士学位论文全文数据库

5.1.6 中国重要会议论文全文数据库

5.1.7 CNKI国家科技成果数据库

5.2 万方数据知识服务平台

5.2.1 万方数据知识服务平台概况

5.2.2 中国学术期刊数据库

5.2.3 中国学位论文全文数据库

5.2.4 中国学术会议文献数据库

5.2.5 中文科技报告数据库

5.3 维普网

5.3.1 维普期刊资源整合服务平台概况

5.3.2 中文科技期刊数据库

5.3.3 中国科学指标数据库

第6章 外文学术论文资源数据库

6.1 Web of Science

6.1.1 Web of Science概况

6.1.2 Web of Science Core Collection

6.1.3 Derwent Innovations Index

6.1.4 INSPEC

6.1.5 Chinese Science Citation Database

6.1.6 Journal Citation Reports

6.2 美国《化学文摘》

6.2.1 美国化学文摘概况

6.2.2 美国《化学文摘》（网络版）

6.2.3 SciFinder检索方式及检索结果

6.3 《工程索引》

6.3.1 Engineering Village概况

6.3.2 Ei Compendex检索方式及检索结果

6.4 ScienceDirect

6.4.1 ScienceDirect数据库简介

6.4.2 ScienceDirect检索方式及结果

6.5 Wiley Online Library

6.5.1 Wiley Online Library 数据库简介

6.5.2 Wiley Online Library检索方式及检索结果

6.6 SpringerLink

6.6.1 SpringerLink数据库简介

6.6.2 SpringerLink检索方式及检索结果

6.7 其他外文文献数据库

6.7.1 Online Computer Library Center

6.7.2 ProQuest 平台

第7章 专利文献与技术标准

7.1 专利文献

7.1.1 专利概述

7.1.2 美国专利文献概述

7.1.3 中国专利文献概述

7.1.4 中国专利全文数据库

7.1.5 万方中外专利数据库

7.1.6 SIPO中国及多国专利查询系统

7.2 技术标准

7.2.1 技术标准概述

7.2.2 国际标准化组织（ISO）简介

7.2.3 ISO9000族标准及ISO14000族标准简介

7.2.4 中国标准的分类

7.2.5 国家标准全文数据库

7.2.6 中国行业标准全文数据库

7.2.7 中外标准数据库

第8章 化学信息数据库资源

8.1 数据库简介

8.1.1 数据

8.1.2 数据库

8.1.3 数据库管理系统

8.1.4 数据库系统（database system）

8.2 数据库历史及分类

8.2.1 数据库历史

8.2.2 数据库的模型分类

8.3 三类化学信息数据库

8.3.1 文献数据库

8.3.2 事实数据库

8.3.3 结构数据库

8.4 Internet上的化学化工数据库

8.4.1 Spectral Database for Organic Compounds

8.4.2 NIST Chemistry WebBook

8.4.3 NIST Atomic Spectra Database

8.4.4 Reaxys数据库

8.4.5 剑桥晶体数据库

第9章 化学软件

9.1 概述

9.2 化学软件的分类

9.3 语言软件和依托算法的化学计算软件

9.3.1 MATLAB

9.3.2 R语言

9.4 绘图软件

9.4.1 ChemBioOffice

9.4.2 ACD/ChemSketch5.0

9.4.3 Symyx Draw

9.5 化学分析仪器数据处理软件

9.5.1 GRAMS

9.5.2 MestReNova

9.5.3 Origin

9.6 分子模拟软件

9.6.1 分子对接软件AutoDock

9.6.2 量子化学计算软件——Gaussian程序

9.6.3 分子动力学模拟软件

第10章 信息处理与数据挖掘

10.1 概述

10.2 数据的标准化

10.3 特征提取与优化

10.3.1 主成分分析

10.3.2 偏最小二乘法

10.3.3 逐步回归分析

10.3.4 遗传算法

10.4 信号处理方法

10.4.1 协方差与相关系数

10.4.2 自、互相关分析

10.4.3 功率谱密度

10.4.4 傅里叶变换

10.4.5 小波变换

10.4.5.1 小波变换在蛋白质频谱分析中的应用

10.5 机器学习方法

10.5.1 K最近邻法

10.5.2 概率神经网络

10.5.3 分类回归树

10.5.4 助推法

10.5.5 人工神经网络

10.5.6 支持向量机

10.6 数据库挖掘技术

10.6.1 聚类算法

10.6.2 决策树算法

10.7 Web数据挖掘技术

10.7.1 Web内容挖掘

10.7.2 Web结构挖掘

10.7.3 Web日志挖掘

扩展阅读：化学计量学

第11章 QSAR及药物设计

11.1 概述

11.2 QSAR模型的分类

11.2.1 二维定量构效关系（2D-QSAR）

11.2.2 三维定量构效关系（3D-QSAR）

11.2.2.1 比较分子场分析（comparative molecular field analysis，CoMFA）方法

11.2.3 多维定量构效关系

11.2.4 方法评价

11.3 定量构效关系研究中常用的回归分析法

11.3.1 多元线性回归

11.3.2 主成分回归

11.3.3 偏最小二乘回归

11.3.4 投影寻踪回归

11.3.5 非线性方法

11.4 药物设计

11.4.1 类药性

11.4.2 脂水分布系数lgP

11.4.3 脑血分配系数

11.4.4 肠穿透性

11.4.5 水溶性

11.4.6 毒性

11.5 精准医疗

11.6 高通量筛选

11.7 QSAR方法的应用示例

扩展阅读：定量构效关系

第12章 生物信息学

12.1 什么是生物信息学

12.2 生物信息学的发展历程

12.3 生物信息学的研究内容

12.3.1 生物信息挖掘

12.3.2 药物设计

12.3.3 基因组学

12.3.4 蛋白质组学

12.3.5 代谢组学

12.4 生物信息学的研究方法

12.4.1 数学统计方法

12.4.2 动态规划方法

12.4.3 模式识别技术

12.4.4 数据库技术

12.4.5 分子模型化技术

12.4.6 分子力学和量子力学计算

12.4.7 分子动力学模拟

12.5 生物信息学的应用

12.6 生物信息学的研究趋势及未来挑战

12.7 蛋白质功能研究

12.8 蛋白质数据库简介

12.8.1 综合性蛋白质数据库

12.8.2 专用性蛋白质数据库

12.9 蛋白质序列的特征提取方法

12.9.1 基于氨基酸组成和位置的特征提取方法

12.9.2 基于氨基酸物理化学特性的特征提取方法

12.9.3 基于数据库信息挖掘的特征提取方法

12.10 蛋白质相互作用

12.11 蛋白质网络

12.11.1 蛋白质-蛋白质相互作用网络

12.11.2 氨基酸残基网络

扩展阅读：高通量基因表达检测技术

参考文献