R实战:系统发育树的数据集成操作及可视化(全彩)电子书

内容简介

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推荐序

前言

第1篇 树数据的输入/输出及操作

第1章 导入带有数据的树文件

1.1 系统发育树构建概述

1.2 系统发育树文件格式

1.3 使用treeio导入树及相关数据

1.4 总结

1.5 本章练习题

参考文献

第2章 操作含有关联数据的树

2.1 使用tidy接口操作树数据

2.2 数据整合

2.3 重新设定树的根节点

2.4 重新调整分支标尺

2.5 对包含数据的树取子集

2.6 操作树数据以进行可视化

2.7 总结

2.8 本章练习题

参考文献

第3章 导出含有数据的树

3.1 简介

3.2 将树数据导出为BEAST Nexus格式的文件

3.3 将树数据导出为jtree格式的文件

3.4 总结

3.5 本章练习题

参考文献

第2篇 树数据的可视化及注释

第4章 系统发育树可视化

4.1 简介

4.2 使用ggtree包对系统发育树进行可视化

4.3 绘制树的构成部分

4.4 对树列表进行可视化

4.5 总结

4.6 本章练习题

参考文献

第5章 系统发育树注释

5.1 使用图形语法对树进行可视化及注释

5.2 进化树注释图层

5.3 使用进化软件输出结果注释树

5.4 总结

5.5 本章练习题

参考文献

第6章 系统发育树的可视化探索

6.1 查看选定的进化枝

6.2 缩小选定的进化枝

6.3 折叠及展开进化枝

6.4 对分类单元进行分组

6.5 对系统发育树结构的探索

6.6 总结

6.7 本章练习题

参考文献

第7章 绘制含有数据的树

7.1 将外部数据映射到树结构

7.2 基于树的结构将图与树对齐

7.3 对含有关联矩阵的树进行可视化

7.4 对含有多序列比对结果的树进行可视化

7.5 复合图

7.6 总结

7.7 本章练习题

参考文献

第8章 使用轮廓图和子图注释进化树

8.1 使用图像注释进化树

8.2 使用phylopic注释进化树

8.3 使用子图注释进化树

8.4 玩转phylomoji

8.5 总结

8.6 本章练习题

参考文献

第3篇 ggtree拓展包

第9章 对其他树形对象使用ggtree包

9.1 使用ggtree包绘制系统发育树对象

9.2 使用ggtree包绘制树状图

9.3 使用ggtree包绘制树形网络图

9.4 使用ggtree包绘制其他树形结构

9.5 总结

9.6 本章练习题

参考文献

第10章 使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据

10.1 简介

10.2 基于树的结构将图与树对齐

10.3 在多维数据的可视化中将多个图与树对齐

10.4 群体遗传学示例

10.5 总结

10.6 本章练习题

参考文献

第11章 其他ggtree扩展包

11.1 使用MicrobiotaProcess包进行分类学注释

11.2 使用tanggle包可视化系统发育网络图

11.3 总结

11.4 本章练习题

参考文献

第4篇 杂项

第12章 ggtree包中的实用工具

12.1 分面相关实用工具

12.2 几何对象图层

12.3 布局相关工具

12.4 标尺相关工具

12.5 树数据相关工具

12.6 树相关工具

12.7 交互式ggtree注释

12.8 本章练习题

第13章 可重复示例图库

13.1 绘制系统发育树与核苷酸序列之间的距离

13.2 以不同的符号点呈现自举值

13.3 突出显示不同分组

13.4 含有基因组位点结构信息的系统发育树

参考文献

附录A 常见问题

A.1 安装相关问题

A.2 R语言相关问题

A.3 美学映射相关问题

A.4 文本和标签相关问题

A.5 分支设置

A.6 为不同的分面面板设置不同的x轴标签

A.7 在树的底部图层绘制图形

A.8 扩大环形布局或扇形布局树的内部空间

A.9 使用离根最远的叶节点作为时间尺度树的原点

A.10 删除环形布局树的空白边距

A.11 编辑树图的细节

参考文献

附录B 相关工具

B.1 MircrobiotaProcess包：将物种分类表转换为treedata对象

B.2 rtol包：Open Tree API的R接口

B.3 将ggtree对象转换为plotly对象

B.4 绘制漫画风格的系统发育树（类似xkcd）

B.5 绘制ASCII Art形式的有根树

B.6 放大树的选定部分

B.7 在ggtree包中使用ggimage包的提示

B.8 在Jupyter Notebook中运行ggtree包

参考文献

附录C 练习题答案

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