R语言与医学统计图形电子书

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序 言

前 言

写在前面

第一篇 R语言基础绘图系统

第一章 基础绘图包之高级绘图函数

第一节 par()函数详解

一、par()函数简介

二、par()函数参数介绍

第二节 plot()函数

第三节 盒 形 图

第四节 条形图和误差条图

第五节 直方图和金字塔图

一、常规直方图绘制

二、直方图的叠加

三、背靠背直方图

四、金字塔图和镜面图

第六节 饼 图

第七节 克利夫兰点图

第八节 条 件 图

第二章 基础绘图包之低级绘图函数

第一节 低级绘图函数简介

第二节 坐标轴自定义及文本绘制

第三节 图 例

第四节 添加文本

第五节 气 泡 图

第六节 一页多图

第七节 背景网格

第八节 添加线条和散点

第九节 数学表达式的添加

第三章 颜色的选取

第一节 内置颜色的选取

一、palette()函数

二、颜色生成器函数

三、调色桶函数

第二节 RColorBrewer包

一、连续型调色板

二、极端值调色板

三、离散型调色板

第三节 colourpicker插件

一、colourpicker插件的安装

二、colourpicker插件的使用

第二篇 ggplot2绘图系统

第四章 ggplot2详解

第一节 从基础绘图包到ggplot2的过渡

一、从qplot()说起

二、qplot()的使用方法

第二节 图形映射

一、认识映射函数aes()

二、小试牛刀

三、颜色的映射

四、大小的映射

五、形状的映射

第三节 几何对象

一、几何对象之散点图

二、几何对象之条图

三、几何对象之盒形图

四、几何对象之直方图与概率密度曲线

五、几何对象之线图

六、几何对象之标签与文本

七、几何对象之热图

八、小结

第四节 标度函数

一、坐标轴调节函数

二、自定义图例

三、自定义图形标题

第五节 统计变换函数

一、统计变换概览

二、绘制QQ图

三、自定义统计变换函数

第六节 坐标系转换函数

一、polar坐标系

二、坐标轴翻转

第七节 位置调整函数

一、位置调整函数概览

二、并排式排列和堆栈式排列

三、扰动点

四、水平和垂直方向的位置调整

五、有规则的扰动

第八节 图形分面

一、何为分面

二、facet_grid()函数

三、facet_wrap()函数

第九节 主题函数以及ggthemes包

一、ggplot2主题设置函数

二、ggthemes包

第十节 一页多图

一、GridExtra包

二、grid.arrange()函数

第十一节 图形字体的选择以及中文的绘制

一、Windows系统中选择字体

二、MA C系统中选择字体

三、在ggplot2中绘制中文

第十二节 高质量图形的保存和输出

一、图片格式函数

二、ggsave()函数

第五章 ggplot2扩展包

第一节 ggrepel包

第二节 ggsci包

第三节 gganimate包

第四节 ggpubr包

一、绘制两两比较盒形图

二、条形图与滑珠图

第三篇 其他静态图形的绘制

第六章 地图的绘制

第一节 利用R包内置地图作图

maps 包简介

第二节 从本地导入GIS地图

一、mapdata包

二、maptools包

三、利用ggplot2绘制地图

第三节 从专业地图软件调用地图

一、ggmap包简介

二、ggmap的使用

三、baidumap简介

第七章 流行病学调查数据的可视化

第一节 sjPlot包的安装

第二节 频数分布可视化

一、频数分布直方图

二、分组频数图

三、在直方图上添加统计结果

四、横向堆栈条形图

第三节 列联表数据的可视化

第四节 频数分布散点图

第五节 直 方 图

第四篇 动态交互绘图系统

第八章 plotly包

第一节 plotly包简介

第二节 动态散点图

第三节 动态气泡图

第四节 动 态 线 图

第五节 动态条形图

第六节 动态直方图

第七节 动态盒形图

第八节 动态误差条图

第九节 动态饼图和戒指图

第九章 recharts包

第一节 散 点 图

第二节 线 图

第三节 条 形 图

第四节 饼图和玫瑰图

第五节 雷 达 图

第十章 rCharts包

第一节 从Polychart开始

第二节 rCharts与JS-NVD3库

第十一章 动态三维图与动态时间轴

第一节 threejs包

一、三维散点图

二、三维地球

第二节 让时间飞

一、动态时间轴

二、动态时间序列

第十二章 动态交互式地图

第一节 leaflet的安装

第二节 leaflet基本用法

第三节 创建地图控件

第四节 底层地图的调用

第五节 添加标记

第六节 弹出框及标签的设置

第七节 添加线和形状

第八节 颜色和图例设置

一、设置颜色的函数参数

二、设置图例的函数

第五篇 绘图番外篇

第十三章 其他有意思的图

第一节 海 盗 图

第二节 词 云 图

第三节 日 历 图

第四节 生存曲线

第五节 meta分析森林图

第六节 统计结果汇总森林图

第七节 曼哈顿图

第六篇 统计表格的制作

第十四章 利用tableone包制作统计表格

第一节 tableone包

第二节 快速导出tableone产生的表格